5 Санал болгох багцууд

R -дээр тархвар судлалын ажилд өргөн хэрэглэдэг багцуудыг доор жагсаав. Доорх кодыг шууд хуулж аваад уншуулж болно. Уншуулсан код CRAN –аас эдгээр багцуудыг татаж аваад, тухайн нээлттэй R- дээр шууд ачааллаж өгдөг. Хэрэв өмнө нь татаж авагдсан багц байсан бол зөвхөн ачааллах үйлдэл нь хийгднэ.

Доорх жагсаалтад ашиглах шаардлагагүй багц буй бол кодны урд нь # тэмдгийг тавьж идэвхигүйжүүлж болно.

Тэмдэглэл:

Доор кодыг уншуулахаас өмнө pacman багцыг суулга. install.packages("pacman")-кодыг уншуулж татаж авч болно. Энэ багцын p_load() функц нь аливаа багцыг шаардлагатай тохиолдолд суулгаад мөн ачааллаад тухайн нээлттэй R дээр шууд ашиглахад бэлэн болгож өгдгөөрөө онцлог. Бид энэ номонд ихэвчлэн p_load() -ыг ашиглана. Харин base R-ын багцуудыг татаж авах шаардлагагүй ба library()–ыг шууд уншуулж, ажиллуулж болно.
Аливаа багцыг суулгахад хамт суулгагдаж/ачааллагддаг багцуудыг догол мөр, болон “хэш” тэмдгээр тэмдэглэсэн. Жишээ нь ggplot2 багц бол tidyverse багцын харьяа юм.
Хэрэв функцын нэрс олон багцуудад давхардаж орсон бол тухайн функцыг ашиглах үед хамгийн сүүлд ачааллагдсан багцын функц ажиллана. Үүнийг masking гэх ба энэ талаар [R basics] хэсгээс нэмж уншна уу. Мөн conflicted багцыг ашиглаж ийм давхардалтыг шийдвэрлэж боломжтой.
[R basics] хэсгийн pacman болон masking гэсэн хэсгүүдийг уншна уу.

Энэхүү номыг боловсруулахад R, RStudio, болон R багцуудын хэддүгээр хувилбарыг ашигласан талаар [Editorial and technical notes] хэсгээс харна уу.

5.1 CRAN -ын багцууд

##########################################
# Тархвар судлалын хэрэглээнд тохиромжтой R –ын багцууд
##########################################

# Энэхүү код pacman багцын p_load() функцыг ашигласан. Энэ нь аливаа кодыг уншуулахад шаардлагатай багц таньд суулгагдаагүй байгаа  тохиолдолд, тухайн багцыг суулгаад, шууд ачааллуулдаг функц.


# "pacman" багц суусан эсэхийг шалга!
if (!require("pacman")) install.packages("pacman")


# CRAN-аас татаж авах боломжтой багцууд
##############################
pacman::p_load(
     
     # R-ыг сурах
     ############
     learnr,   # RStudio Tutorial цонхон дээрх интерактив хичээл
     swirl,    # R console дээрх интерактив хичээл
        
     # R төсөл болон файлын менежмент
     #############################
     here,     # R төслийн үндсэн хавтастай холбоотой файлын зам
     rio,      # өгөгдлийн олон янзын хэлбэрийг импортлох/экспортлох 
     openxlsx, # олон хуудастай (sheet) Excel файлыг импортлох/экспортлох 
  
     # Багц суулгах
     ################################
     pacman,   # багц суулгаж/ачааллана
     renv,     # багаар хамтран ажиллахад багцын хувилбаруудыг тохируулна
     remotes,  # github –аас татаж авч суулгах

     # Өгөгдлийн ерөнхий менежмент  
     #########################
     tidyverse,    # өгөгдлийг цэгцтэй (tidy) байдалд оруулж янзлах, танилцуулахад зориулсан олон багцыг агуулсан 
          #dplyr,      # Өгөгдөл янзлах
          #tidyr,      # Өгөгдөл янзлах
          #ggplot2,    # График зураглал
          #stringr,    # string болон character хэлбэрийн өгөгдлийг янзлах
          #forcats,    # factor хэлбэрийн өгөгдөлтэй ажиллах
          #lubridate,  # dates хэлбэрийн өгөгдөлтэй ажиллах
          #purrr       # давтан үйлдэл болон list –тэй ажиллах 
     linelist,     # linelist хэлбэрийн хүснэгтийг цэвэрлэх
     naniar,       # өгөгдлийн дутуу утгыг шалгаж, үнэлэх 

    # Статистик анализ  
     ############
     janitor,      # хүснэгт болон өгөгдөл цэвэрлэх 
     gtsummary,    # дескрибтив болон статистикийн хүснэгт хийх 
     rstatix,      # статитистикийн тест болон статистикийн хураангуйг түргэн хугацаанд боловсруулна
     broom,        # регрессийн анализийн үр дүнг цэгцтэй хэлбэрт оруулах
     lmtest,       # likelihood-ratio тестүүд
     easystats,
          # parameters, # регрессийн анализийн үр дүнг цэгцтэй хэлбэрт оруулах (өөр хувилбар)
          # see,        # forest plots –ыг харуулаh өөр хувилбар
     
     # Тархвар судлалын математик загварчлал

     epicontacts,  # Халдварт өвчний тархалтын сүлжээг судлах 
     EpiNow2,      # Rt-г тооцох
     EpiEstim,     # Rt-г тооцох
     projections,  # Тохиолдлын тоог урьдчилан тооцоолх
     incidence2,   # Тархвар судлалын муруйг зурж, тохиолдлын тоог тооцох 
     i2extras,     # incidence2 багцын нэмэлт функцууд
     epitrix,      # тархвар судлалд хэрэглэгддэг нэмэлт функцууд
     distcrete,    # Discrete delay тархалт
     
    
     # График зураглал -ерөнхий
     #################
     #ggplot2,         # tidyverse багцын харьяа
     cowplot,          # графикуудыг нэгтгэх  
     # patchwork,      # графикуудыг нэгтгэх  (өөр хувилбар)     
     RColorBrewer,     # өнгө сонгох
     ggnewscale,       # өнгөний нэмэлт тохируулга хийх

    
     # График зураглал – тусгай зориулалтын
     ########################
     DiagrammeR,       # DOT хэлийг ашиглах бүдүүвч, диаграмм хийх
     incidence2,       # тархвар судлалын муруй
     gghighlight,      # тусгай хэсгийг тодотгож харуулах
     ggrepel,          # жижиг гарчиг
     plotly,           # интерактив график
     gganimate,        # хөдөлгөөнт график 

     
    # ГИС орон зайн анализийн чиглэлээр
     ########################
     sf,               # Simple Feature хэлбэрийг ашиглан орон зайн мэдээллийг янзлах
     tmap,             # энгийн газрын зураг боловсруулах (интерактив болон статик газрын зураг)
     OpenStreetMap,    # ggplot-ын газрын зурагт OSM –ын basemap оруулах 
     spdep,            # орон зайн статистик анализ 
     
     # Тайлан, бичиг баримт
     #################
     rmarkdown,        # PDFs, Word, Powerpoint, HTML -ын файлууд үүсгэх
     reportfactory,    # R Markdown –ын үр дүнг автоматаар зохицуулах
     officer,          # powerpoint-ын файлтай ажиллах

     # Хяналтын самбар, аппликэйшн
     ############
     flexdashboard,    # R Markdown –ын кодыг хяналтын самбар болгож хувиргах
     shiny,            # интерактив веб аппликейшн хийх
     
     # Илтгэл, тайлангийн хүснэгт гаргах
     #########################
     knitr,            # R Markdown –ын тайлан болон html-ын хүснэгт үүсгэх
     flextable,        # HTML –ийн хүснэгтүүд
     #DT,              # HTML –ийн хүснэгтүүд (өөр хувилбар)
     #gt,              # HTML –ийн хүснэгтүүд (өөр хувилбар)
     #huxtable,        # HTML –ийн хүснэгтүүд (өөр хувилбар) 
     
     # Филогенетикийн анализ
     ###############
     ggtree,           # модны график зураглал,тэмдэглэгээ хийх
     ape,              # филогенетикийн болон эволюцийн мэдээлэлтэй ажиллах 
     treeio            # филогенетикийн график зураглал хийх
 
)

5.2 Github-ын багцууд

Дор бичсэн кодоор дараах хоёр багцыг Github –ын агуулахаас шууд татаж авна

Боловсролтын явцдаа буй epicontacts багц халдвар тархалтын модыг x-тэнхлэгт хугацаатайгаар харуулж өгдөг.
Энэхүү номны дасгалд ашиглах бүх өгөгдөл epirhandbook багцад буй. Мөн номын pdf хэлбэрийг татаж авч болно.

# Github- аас татаж авах багцууд (CRAN-д байхгүй)
##########################################################

# Боловсролтын явцдаа буй epicontacts багц (халдварын хэлхээг x-тэнхлэгт хугацаатайгаар харуулна)
pacman::p_install_gh("reconhub/epicontacts@timeline")

# Энэхүү номонд зориулсан багц (бүх дасгал, жишээг багтаасан) 
pacman::p_install_gh("appliedepi/epirhandbook")

4 Transition to R

6 R төсөл